关于令妃的死因一直议论纷纷。因为有关专家在对令妃的尸体进行检测后，发现其体内有残余的水银。因此，众人怀疑令妃是被他人毒死的。有一种说法认为乾隆是为了防止令妃的家族，也就是外戚干预朝政，因此便在其儿子继承皇位之前将令妃杀死了。而另一种说法则认为，乾隆往令妃的尸体内存放水银，是为了让其尸首储存的时间更长，而不是生前将其毒死。
一、令妃家族势力强大
了解古代历史的人，一定对古代奇怪的婚嫁制度并不陌生。尤其是对于皇室宗亲来说，皇帝或者是王爷，很有可能娶外戚的女儿，或者是孙女为妻。而令妃也并不例外，其家族势力庞大，因此颇受乾隆的忌惮。而之所以有部分人会认为乾隆将令妃毒死，是为了防止其家族中的人干预朝政，一方面是由于乾隆心机颇深，并且阴险狡诈，为了权力不惜残害无辜的生命，颇有野心。因此其根本不可能允许威胁到自己地位的事情发生，因而才会在外戚势力可能干扰到自己的位置时，便毫不手软的将令妃杀死。
另一方面，由于令妃母家势力非常强大，而在明清时期外戚干政的现象是极为严峻的。乾隆好不容易登上皇位，是绝对不会允许外企干政的事件发生的。因此，为了防患于未然，乾隆便在外戚势力进一步扩大之前，将令妃杀死了。当然，这种说法也只是猜测。历史上的乾隆与令妃还是比较恩爱的，如果乾隆存在杀死令妃的可能，则这一定是出于以上这两个原因，但是并不确定令妃就是由乾隆杀死的。
二、乾隆在令妃死后放置水银
然而与乾隆毒死令妃的说法相比，另一种说法显然是更具有可信度的。学者们认为，在令妃体内之所以会发现水银，其实是乾隆为让令妃的尸体储存的时间更长，给其留个念想，因此才会在尸体内部放置水银来使尸体保持不腐。而水银也是古代人最为常见的一种防止尸体腐烂的方式，因此，这种说法的可信度是很高的。
