原来是司马迁为李陵投降叛国的行为求情而触怒汉武帝刘彻，这才被判死刑或宫刑。(汉武帝时代，宫刑被世人当作是生不如死的奇耻大辱，故宫刑等同于死刑。被判死刑的人，可选择宫刑，苟且活命。
据说当时，在司马谈死后，司马迁继承父亲的职务，做了太史令，他阅读和搜集的史料就更多了。在他正准备着手写作的时候，却因替李陵辩护得罪武帝，下了监狱，受了刑。他痛苦地想：这是我自己的过错呀。现在受了刑，身子毁了，没有用了。但是他又想：从前周文王被关在羑里，写了一部《周易》;孔子周游列国的路上被困在陈蔡，后来编了一部《春秋》;屈原遭到放逐，写了《离骚》;左丘明眼睛瞎了，写了《国语》;孙膑被剜掉膝盖骨，写了《兵法》。
还有《诗经》三百篇，大都是古人在心情忧愤的情况下写的。这些著名的著作，都是作者心里有郁闷，或者理想行不通的时候，才写出来的。我为什么不利用这个时候把这部史书写好呢?
于是，他把从传说中的黄帝时代开始，一直到汉武帝太始二年(公元前95年)为止的这段时期的历史，编写成一百三十篇、五十二万字的巨大著作《史记》。司马迁出了监狱以后，又重新被起用，在朝中担任中书令。尽管如此，但司马迁最终还是一生郁郁不乐，直至溘然长逝。但他的著作《史记》在我国的史学史、文学史上都享有很高的地位，他本人也被后人所铭记。
