1、地震说
这很好反驳。这次大爆炸中有“灰气涌起，屋宇动荡”的现象，还将人体碎片吹上天空。这说明当时上升气流强大，非一般大风。但是资料显示，地震和大风没有必然的联系。比如，唐山大地震幸存者事后叙述：大地震动好似刮风，但树梢和菜叶都不动。
此外明史中也没有当天地震的记载，假如当天京城确有地震，钦天监及内外观象台一定要报告的，否则会承担隐漏之罪;而当时北京的几座观象台的设备、人员水平，在全国都是高超的，不会对地震观测不出来。但是他们都没有提出发生地震的报告，官方文书也无京师地震之记载。
2、陨石说
有专家认为，根据该事件的记载： “飓风一道，内有火光”，“西安门一带皆霏落铁渣，如麸如米者，移时方止”，认为此次灾难可能系陨星坠落造成的。
但是此观点很难站住脚，因为灾难发生后，在现场并没有发现任何陨石;而且陨石坠地怎么会将几吨重的大石狮子完整的抛到数里之外呢;再者对于陨石坠落这样一件明显的事，当时的人们怎会不记载呢。所以，此观点很难解释得通。
